各处巡抚官，果于地方相宜，久者或就彼加秩，不必又迁他省。布、按二司官，如参议久者，即可升参政，全事久者，即可升副使：不必互转数易，以滋劳扰。如此则人有专职，事可责成，而人材亦不患其缺乏矣。此外如臣言有未尽者，亦乞敕下该部，悉心讲求，条列具奏。伏乞圣裁。
一、饬武备臣惟当今之事，其可虑者，莫重于边防；庙堂之上，所当日夜图画者，亦莫急于边防。选年以来，虏患日深，边事久废。比者屡蒙圣谕，严饬边臣，人心思奋，一时督抚将领等官，颇称得人，目前守御，似亦略备矣。然臣以为虏如禽兽然，不一创之，其患不止，但战乃危事，未可易言，须从容审图，以计胜之耳。今之上策，莫如自治，而其机要所在，莫如皇上赫然奋发，先定圣志。圣志定，而怀忠蕴谋之士，得效于前矣。今谭者皆曰，“吾兵不多，食不足，将帅不得其人。”臣以为此三者皆不足患也。夫兵不患少而患弱。今军伍虽缺，而粮籍具存，若能按籍征求，清查隐占，随宜募补，着实训练，何患无兵？捐无用不急之费，并其财力，以抚养战斗之士，何患无财？悬重赏以劝有功，宽文法以伸将权，则忠勇之夫，孰不思奋，又何患于无将？臣之所患，独患中国无奋励激发之志，因循怠玩，姑务偷安，则虽有兵食良将，亦恐不能有为耳。故臣愿皇上急先自治之图，坚定必为之志，属任谋臣，修举实政，不求近功，不忘有事，熟计而审行之，不出五年，虏可图矣。至于目前自守之策，莫要于选择边吏，团练乡兵，并守墩堡，令民收保，时简精锐，出其空虚以制之，虏即入犯，亦可不至大失。此数者昨虽已经阁、部议行，臣愚犹恐人心玩揭日久，尚以虚文塞责。伏乞敕下兵部，申饬各边督抚，务将边事，著实举行。候秋防毕日，严查有无实效，大行赏罚，庶沿边诸郡，在在有备，而虏不敢窥也。再照祖宗时，京营之兵数十万，今虽不足，尚可得八九万人，若使训练有方，亦岂尽皆无用，但土习骄惰，法令难行，虽春秋操练，徒具文耳。臣考之古礼，及我祖宗故事，俱有大阅之礼，以习武事，而戒不虞。今京城内外，守备单弱，臣常以为忧。伏乞敕下戎政大臣，申严军政，设法训练。每岁或间岁，季冬农隙之时，恭请圣驾，亲临校阅，一以试将官之能否，一以观军士之勇怯，有技艺精熟者，分别赏赉，老弱不堪者，即行汰易。如此，不惟使辇毂之下，常有数万精兵，得居重驭轻之道，且此一举动，传之远近，皆知皇上加意武备，整饬戎事，亦足以伐狂虏之谋，销未萌之患，诚转弱为强之一机也。伏乞圣裁。
三条以外，振纪纲条则言：“伏望皇上奋乾刚之断，普离照之明，张法纪以肃群工，揽权纲而贞百度；刑赏予夺，一归之公道而不必曲绚乎私情，政教号令，必断于高衷而毋致纷更于浮议。法所当加，虽贵近不宥，事有所枉，虽疏贱必申。”重诏令条则言“伏望敕下部、院等衙门，凡大小事务，既奉明旨，须数日之内，即行题复，若事理了然，明白易见者，即宜据理剖断，毋但诿之抚、按议处，以致耽延。其有合行议勘问奏者，亦要酌量事情缓急，道里远近，严立限期，责令上紧奏报，该部置立号簿，发记注销。如有违限不行奏报者，从实查参，坐以违制之罪，吏部即以此考其勤惰，以为贤否。然后人思尽职而事无壅滞也。”固邦本一条，从国家经费底立场立论。本来居正对于嘉靖以来，民穷财尽的情形，目睹心伤，所以一面言“伏望皇上轸念民穷，加惠邦本，于凡不急工程，无益征办，一切停免，敦尚俭素，以为天下先”；一面又说“吟风俗侈靡，官民服舍，俱无限制。外之豪强兼并，赋役不均，花分诡寄，恃顽不纳田粮，偏累小民。内之官府造作，侵欺冒破，奸徒罔利，有名无实。各衙门在官钱粮，漫无稽查，假公济私，官吏滋弊，凡此皆耗财病民之大者，若求其害财者而去之，则亦何必索之于穷困之民，以自耗天下之元气乎？”
居正二十五岁有《论时政疏》；上《陈六事疏》的时候，他已经四十四岁了。二十年的当中，固然有许多前后一贯的地方，但是二十年的经验，在他底主张里，发生不可磨灭的变化。他底议论，已经摆脱少年文士底习气，一切扼着要点，他所陈的六事，我们不妨分为两大项：第一是论政本，第二是论急务。
第一条到第四条是论政本。他希望穆宗有主张，有决断，一切的诏令要实现，一切的政策要贯彻，一切的议论要控制。用现代的术语，他希望穆宗实行独裁政治。不明白君主政治底内容的人，也许以为君主政治都是独裁的，其实这是观念的错误。君主政治只能加强独裁的地位，不一定是独裁政治。在一个优柔寡断的君主手里，整个的政局，常有多头政治的倾向，这不是独裁。居正底主张，是希望穆宗独裁。振纪纲，崇诏令两条，增进君主的地位；省议论一条，取缔一般的言论；核名实一条，完成独裁的机构。独裁，独裁，惟有独裁，才是居正底理想。他歌颂成汤，歌颂秦始皇，歌颂明太祖。他曾说过：
三代至秦，浑沌之再辟者也，其创制立法，至今守之以为利。史称其得圣人之威。使始皇有贤子，守其法而益振之，积至数十年，继宗世族，变夷已尽，老师宿儒，闻见悉去，民之复起者，皆改心易虑，以听上之令，即有刘项百辈，何能为哉！惜乎扶苏仁懦，胡亥稚蒙，奸宄内发，六国余孽尚存，因天下之怨而以秦为招，再传而蹙，此始皇之不幸也。假令扶苏不死继立，必取始皇之法纷更之，以求复三代之旧，至于国势微弱，强宗复起，亦必乱亡。后世儒者，苟见扶苏之谏焚书坑儒，遂以为贤，而不知乱秦者扶苏也。高皇帝以神武定天下，其治主于威强，前代繁文苛礼，乱政弊习，刬削殆尽，其所芟除夷灭，秦法不严于此矣。又浑沌之再辟也。懿文仁柔，建文误用齐、黄诸人，踵衰宋之陋习，日取高皇帝约束纷更之，亦秦之扶苏也。建文不早自败，亦必亡国。幸赖成祖神武，起而振之。历仁、宣、英、宪、孝，皆以刚明英断，总揽乾纲，独运威福，兢兢守高皇帝之法，不敢失坠，故人心大定，而势有常尊。至于世庙，承正德群奸乱政之后，又用威以振之，恢皇纲，饬法纪，而国家神气，为之再扬。盖人心久则难变，法之行，不可虑始，即有不便于人者，彼久而习之，长而安焉，亦自无不宜矣。三代惟商之规模法度，最为整肃，成汤、伊尹，以圣哲勇智，创造基业，其后贤圣之君六七作，故国势常强，纣虽无道，而周取之甚难。以文、武、周公之圣，世历三纪，始得帖然顺服，盖天下之归殷久矣。余尝谓本朝立国规模，大略似商，周以下远不及也。列圣相承，纲维丕振，虽历年二百有余，累经大故，而海内人心，晏然不摇，斯用威之效也。腐儒不达时变，动称三代云云，及言“革除”事，以非议我二祖法令者，皆宋时奸臣卖国之余习。老儒臭腐之迂谈，必不可用也。（文集十一《杂著》）
《杂著》不知是哪一年度著作，从太祖洪武元年，到穆宗隆庆元年，恰恰二百年，所以这一段是隆庆二年以后写的了，或许是和《陈六事疏》同时或略后。在这一段时间里，居正希望穆宗做成汤，他自己也准备做伊尹。但是居正底《陈六事疏》，和《论政事疏》一样，没有达到应有的希望。事情再简单没有，穆宗不是成汤，不是秦始皇，不是明太祖、成祖，连带不是世宗，他只是一个宽厚的君主，谈不上“总揽乾纲，独运威福”。当然，居正显然地憧憬到景帝任用于谦的故事。那时只要有一个负责的大臣，国家一样地可以转危为安，但是隆庆二年，整个的国家，在粉饰太平的当中，皇帝对于居正，未必象景帝那样的信任，而且内阁还有李春芳、陈以勤这几位大臣，一切的大权也轮不到居正。等待，等待，居正还得等待。他所得的只有朱批“览卿奏，俱深切时务，具见谋国忠恳，该部、院看议行”二十个字。
成效不能说是没有的。都御史王廷复振纪纲，重诏令二事，分为八条。户部尚书马森议固邦本事，言财用之当经理者十条。兵部尚书霍冀议饬武备事，一议兵，二议将，三议团练乡兵，四议守城堡，五议整饬京营；又奏请亲临大阅。一切都是空文。
但是毕竟还有一些成绩，这便是省议论。隆庆二年八月以后，议论少得多了。居正自己屡次说过：
近来士习人情，似觉稍异于昔，浮议渐省，实意渐孚。鄙人疏发其端，而太宰公力助之。太平之休，庶几可望，但不知后来何如耳。（书牍一《答中丞梁鸣泉》）
近来士习人情，似觉稍异于昔。李石翁宽和沈静，斡握机衡，仆亦竭其芬钝，以共相疏附，诗所谓“伯氏吹埙，仲氏吹篪”者，或庶几焉。（同卷《答御史顾公曰唯》）
近来士习人情，纪纲法度，似觉稍异于昔，实自小疏发之，然忌我者，亦自此始矣。念既已深荷重任，义当直道正言，期上不负天子，下不负所学，遑恤其他。（同卷《答奉常罗月岩》）
太宰指吏部尚书杨博，李石翁即李春芳，字石麓。本来从嘉靖末年起，内阁里面，种下斗争的种子，许多议论发生了，“或一事而甲可乙否，或一人而朝由暮跖”，这是事实。现在高拱去了，徐阶去了，吏部尚书有老成练达的杨博，内阁首辅有宽和沈静的李春芳。一切的风波平定下来。不过这只是暂时的停止，到隆庆三年的秋天，风波又起，以后波涛汹涌，直到隆庆六年的秋天。